Историю основания Института можно отсчитывать от основания в мае 1952 г. Лаборатории электромоделирования при Нефтяной экспедиции Академии наук Азербайджана. В 1956 г. в связи с реорганизацией Нефтяной экспедиции Лаборатория электромоделирования была включена в состав Института физики и математики Академии наук, а с 1958 г. – переведена в состав Института математики и механики Академии наук и переименована в Вычислительный центр.

Появление в Республике в конце 50-х годов универсальных цифровых вычислительных машин дало толчок исследованиям в области вычислительных методов и программирования, что, в свою очередь, создало основу для преобразования Вычислительного центра в самостоятельную организацию в составе Академии наук в 1960 г. В том же году в составе Вычислительного центра была создана вторая (после Украины) среди бывших союзных республик лаборатория ЭВМ. Эта лаборатория оказала решающее влияние на развитие кибернетики и информатики в нашей стране. В 1965 году на базе Вычислительного центра был создан Институт кибернетики.

С целью создания и внедрения автоматизированных систем управления в народном хозяйстве в 1971 году при Институте кибернетики был создан отдел «Автоматизированные системы управления» (в марте 1982 года отдел АСУ стал самостоятельной организацией, а в 2002 г. Институтом информационных технологий). Институт кибернетики был назначен головной организацией по созданию «Республиканской автоматизированной системы управления» (1977-1981 гг.).

В январе 1978 года было организовано СКБ "Кибернетика” для создания и внедрения экспериментальных образцов разрабатываемых в институте приборов и устройств. Хозрасчетное бюро и сейчас функционирует с большим успехом.

В 2014-ом году решением Кабинета министров Институт кибернетики был переименован в Институт систем управления.

Указом Президента Азербайджанской Республики от 28 июля 2022 года Институт систем управления Национальной академии наук Азербайджана был передан в подчинение Министерства науки и образования Азербайджанской Республики.

Руководство института:

С момента основания до 1965 г. институтом руководил доктор технических наук, профессор Алескеров Саид Амираслан оглу, в 1965-1970-х гг. академик Гусейнов Ашраф Искендер оглу, в 1970-1988-х гг. академик Аллахвердиев Джалал Эйваз оглу.

В 1988-2020 гг. директором института был доктор технических наук, профессор, обладатель ордена «Славы», заслуженный деятель науки, академик Алиев Тельман Аббас оглы.

С 22.01.2021 г. генеральным директором института является доктор технических наук, профессор, академик Аббасов Али Магамед оглы.

Кадровый потенциал института:

В институте работают 4 академика, 5 членов-корреспондентов, 39 докторов наук, 55 докторов философии.

В настоящее время в институте функционируют 7 отделов и 23 лабораторий.