İnstitutun yaranma tarixini Azərbaycan ЕА Neft ekspedisiyası nəzdində 1952-ci ilin mayında еlektromodelləşdirmə laboratoriyasının təşkil olunduğu vaxtdan hesablamaq olar. Neft ekspedisiyasının yenidən təşkili ilə əlaqədar olaraq laboratoriya 1956-cı ildə Elmlər Akademiyasının Fizika və Riyaziyyat, 1958-ci ildə isə Elmlər Akademiyasının Riyaziyyat və Mexanika institutunun tərkibinə daxil edilmiş və Hesablama mərkəzi adlandırılmışdır.

50-ci illərin sonunda Respublikaya universal rəqəmli hesablama maşınlarının gətirilməsi hesablama üsulları və proqramlaşdırma sahələrində tədqiqatların aparılmasına təkan verdi, bu da öz növbəsində 1960-cı ildə Hesablama mərkəzinin Elmlər Akademiyasının tərkibində müstəqil təşkilata çevrilməsinə əsas yaratdı. Həmin il Hesablama mərkəzinin tərkibində keçmiş ittifaq miqyasında ikinci olaraq (Ukraynadan sonra) «Elektron hesablama maşınları» laboratoriyası yaradıldı. Bu laboratoriya ölkəmizdə kibernetikanın və informatikanın inkişafına həlledici təsir göstərmişdir. 1965-ci ildə Hesablama mərkəzi əsasında Kibernetika İnstitutu yaradıldı.

Xalq təsərrüfatında avtomatlaşdırılmış idarəetmə sistemlərinin yaradılması və tətbiqi məqsədilə 1971-ci ildə Kibernetika institutunun nəzdində təsərrüfat hesablı "Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə sistemləri” şöbəsi yaradıldı (1982-ci ilin martında AİS şöbəsi müstəqil təşkilata, 2002-ci ildə isə İnformasiya Texnologiyaları İnstitutuna çevrildi). Kibernetika institutu "Respublika Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sistemi”nin yaradılması (1977-1981) üzrə baş təşkilat təyin olunmuşdu.

1978-ci ilin yanvarında institutda işlənən cihaz və qurğuların təcrübi nümünələrinin yaradılması və tətbiqi üçün "Kibernetika” XKB təşkil edilmişdir. Təsərrüfat hesablı Büro indi də böyük uğurla fəaliyyət göstərir.

2014-cü ildə AR Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə Kibernetika İnstitutun adı "İdarəetmə Sistemləri İnstitutu" olaraq dəyişdirilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2022-ci il 28 iyul tarixli Fərmanı ilə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının İdarəetmə Sistemləri İnstitutu AR Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyinə verilmişdir.

İnstitutun rəhbərliyi:
İnstitut təşkil olunduğu vaxtdan 1965-ci ilə kimi texnika elmləri doktoru, professor Ələsgərov Səid Əmiraslan oğlu, 1965-1970-ci illərdə akademik Hüseynov Əşrəf İsgəndər oğlu, 1970-1988-ci illərdə akademik Allahverdiyev Cəlal Eyvaz oğlu rəhbərlik etmişlər. 

1988-2020-ci illərdə institutun direktoru texnika elmləri doktoru, professor, "Şöhrət" ordenli əməkdar elm xadimi, akademik Əliyev Telman Abbas oğlu olmuşdur.

22.01.2021-ci il tarixdən etibarən institutun baş direktoru texnika elmləri doktoru, professor, akademik Abbasov Əli Məhəmməd oğludur.

İnstitutun kadr potensialı:
İnstitutda 4 akademik, 5 müxbir-üzv, 39 elmlər doktoru, 55 fəlsəfə doktoru fəaliyyət göstərir.
Hazırda institutda 9 şöbə və 24 laboratoriya fəaliyyət göstərir.